Aún no concluidas totalmente las obras del claustro meridional, se iniciaron las del claustro septentrional. Tiene arquería solamente en la planta baja. Las dos plantas superiores son cerradas: la primera, con vanos de balcones y ventanas; la segunda, sólo con ventanas.

  Ambos claustros se comunican mediante una puerta de ornamentación archibarroca: la apoteosis de san Isidoro entre ángeles y folla.
  El espacio entre el ala norte del primer claustro y el ala sur del segundo fue dedicado a refectorio de la comunidad, magnifica sala con bóvedas de yeso policromado y escenas e historias de la Casa: la apoteosis de san Isidoro, personajes del Antiguo y Nuevo Testamento, milagros de san Isidoro, vida de santo Martino, pinjantes y florones.