El abad Juan Martínez (1519-1524) ordenó la construcción de un claustro contiguo a la iglesia románica. Lo construyó de ladrillo, emparedando las arcadas del pórtico románico en el muro meridional. Los muros eran lisos al exterior, con ventanas derramadas al interior.

  En 1728, los canónigos habían derribado ya las alas del norte y poniente del feo conjunto y levantado, en piedra, los muros barrocos, con arquerías abiertas, tanto en el claustro bajo como en el alto. Más tarde, las lluvias y el frío motivaron cerrar las arcadas del claustro bajo con antepecho; el alto, con piedra y postigos, acristalando el semicírculo del arco. En los años 70 del siglo XX desaparecieron los cristales, que fueron sustituidos por óculos de piedra.
 
  Hubo varios intentos para suprimir el muro de mediodía, pero siempre fracasaron, y así llegó hasta 1970, fecha en que se derribó lo que quedaba del claustro de ladrillo, y apareció en todo su esplendor el pórtico del siglo XI. Mención especial merece el friso que recorre la fachada del oeste y del norte con 28 medallones de bustos de reinas, flanqueados por monstruos, armas, tubas, guerreros, flora y fauna.